Τα αίτια των συγγενών καρδιοπαθειών, στη συντριπτική τους πλειονότητα, παραμένουν άγνωστα, με την εμφάνιση της νόσου να θεωρείται τυχαίο φαινόμενο. Ένα πολύ μικρό ποσοστό μπορεί να σχετίζεται με κληρονομικούς παράγοντες. Όταν στην οικογένεια υπάρχει ήδη ένα άτομο με συγγενή καρδιοπάθεια (π.χ. γονέας ή αδελφάκι), η πιθανότητα εμφάνισης καρδιοπάθειας σε ένα νέο μέλος της οικογένειας αυξάνεται από το 1% (ποσοστό που παρατηρείται στον γενικό πληθυσμό) στο 3%. Σε αυτές τις περιπτώσεις συνιστάται η διενέργεια προγεννητικού ελέγχου καρδιάς σε κάθε νέα εγκυμοσύνη, σε εξειδικευμένα κέντρα.

Σπανιότερα, τα αίτια των συγγενών καρδιοπαθειών μπορεί να σχετίζονται με λοιμώξεις κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, λήψη φαρμάκων ή τοξικών ουσιών (π.χ. οινοπνεύματος, ναρκωτικών), ιδιαιτέρως κατά το πρώτο τρίμηνο της κύησης.