Τα αίτια των συγγενών καρδιοπαθειών στη μεγάλη πλειονότητά τους παραμένουν άγνωστα και η ύπαρξη της νόσου είναι τυχαίο φαινόμενο. Ένα πολύ μικρό ποσοστό μπορεί να έχει σχέση με κληρονομικούς παράγοντες. Οταν στην οικογένεια υπάρχει ήδη ένα άτομο με συγγενή καρδιοπάθεια (πχ. γονιός, αδελφάκι), η πιθανότητα καρδιοπάθειας στο καινούριο μέλος της οικογένειας αυξάνεται από 1% (που ανευρίσκεται στο φυσιολογικό πληθυσμό) σε 3%. Συνιστάται σε αυτές τις περιπτώσεις να γίνεται προγεννητικός έλεγχος καρδιάς σε κάθε νέα εγκυμοσύνη σε εξειδικευμένα κέντρα.

Σπανιότερα αίτια συγγενούς καρδιοπάθειας σχετίζονται με λοιμώξεις κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, λήψη φαρμάκων ή τοξικών ουσιών (οινόπνευμα, ναρκωτικά), ιδιαιτέρως κατά τον πρώτο τρίμηνο της εγκυμοσύνης, κτλ.